我们公司总部在广东，在北京这边有开分公司。由于经营原因我决定把北京分公司承包，并且也经的公司同意。

你问对人了，我是工商局的。
首先纠正你2个错误，不存在主体公司，只存在分公司，总公司的概念。第二也不存在承包分公司的概念，只存在你承包了原分公司的业务。现在回答你的问题：
第一个问题：不可以直接变更。分公司是属于原总公司的，你自己无权变更，而且也不存在分公司变为总（主体）公司的问题。
第二个问题：可以让总公司把原来的分公司注销。然后你自己独立新办一个公司，这完全可以。新成立的公司是你自己的，你可以从事原分公司的业务。这是经营问题。公司注销和注册的过程中，都是不能以公司名义对外开展业务。注销了，就得清算，停止经营。注册公司过程中，执照没拿到，就不能开展业务，否则，是无照经营，严重的要被罚款。
第三个问题：这个简单，你先去申请办理新公司，等申请下来之后，再注销原来的公司。

北京工商变更流程

流程及时间节点：网申（3--5个工作日）---约号（5--7个工作日）---
交件（4--5个工作日）---取新执照
备注：变更名称需先名称变更核准，然后再做网申，取了新执照后重新
备案刻套章；
变更核准名称时间2--3个工作日，2--3个工作日；
北京执照可变更9项：
1.变更公司名称；2.变更地址（同区、跨区）；；
3.变更法人；4.变更注册资本（增减）；
5.变更营业期限（延期）；6.变更经营范围；
7.变更股东；8.变更高管；
9.变更公司类型（改制）；
工商与税务之间需要间隔一个月。
注意事项：
变更名称：
1.该名称是否可以变更（投资类企业变更字号）
2.字号是否重复率高，行业特点是否特殊（从注册地址、注册区、北京市分析）；
3.股东是否同时变更，如变更，在核名阶段同时调整股东；
4.国家局名称只能一年以后再做变更；
新名称核准截图及申报账号人身份证号码或申报账号及密码

增减注册资本：
减少注册资本时需要先登报公示，公示45天以后方可做网申减资；
增加注册资本时需要确定注册地址是否有限制以及是否涉及股权转让；

变更法人：
法定代表人是否同时拥有多重身份（执行董事/经理/股东/企业联系人），
一般法人也担当执行董事和经理的职务，需要跟客户确定好；
法人变更是否涉及股权变更；
法人变更后银行需要连带做变更（包括之前讲到的名称变更）；
新法人是否进入工商黑名单，新法人需要做实名认证；

1.新法定代表人身份证复印件；
2.新任执行董事身份证复印件；
3.新任经理身份证复印件；
4.新任监事身份证复印件；

经营范围变更：
1.变更后的范围是否有与行业特点对应的主营业务，如果没有需增加；
2.增加的经营范围是否超出注册地址的限制（孵化器、市场、中关村西区等）
3.增加的经营范围是否是本区及本市限制或禁止的范围；
4.增加的经营范围是否涉及审批，如销售食品、进出口、道路运输、劳务派遣等，地址能够办理许可；

变更股东：
1.变更股东是否涉及到人员任职情况的变化；
2.多个股东变更成一人股东时，需要确认该一人股东是否还有其他一人有限公司存续；
3.变更股东是否涉及个人所得税税务核定；
4.注册资本是否涉及实缴；

变更地址
了解客户哪个区、小规模还是一般人、公司类型、
工商税务是否异常、同区还是跨区变更、有无自己的地址等。
注意事项
1.变更地址的原因（地址异常、地址到期未续费、升一般人、
增加某些特殊经营范围、变更名称等）；
2.同区变更还是跨区变更（跨区变更地址需要开迁入函）；
3.是否有地址，需不需我们提供，小规模还是一般人；
4.新地址是否有相关限制（经营范围、行业特点等）；
5.地址是否涉及异常；
6.跨区变更是否需要我方迁税务，如果迁税务，需要了解税务是否正常、有无税控、账本是否齐全、进三年走账开票多不多等，费用和时间按注销的报；
7.同区变更地址也需要迁税务所，不然税务容易被协查；

客户自己提供变更地址：
个人产权：
房本复印件（每一页都需要复印，并让产权人在空白处签字）
住所证明（我方可以提供，需产权人签字，跟房本签字一致）
产权人身份证复印件；
物业产权：
房本复印件（每一页都需要复印，并让产权方在每一页盖章）
住所证明（我方可以提供，需产权方盖章）
产权方执照副本复印件并加盖公章；
政府地址：
需要政府出具相应的房屋使用文件，住所证明需要乡镇府盖章，这个时间一般比较久；

备注：地址在使用前需要工商局网站备案，有的区需要现场实地核查；

所有变更.共性材料：
1、营业执照正副本原件；2、法人身份证复印件；3、公章；4、章程；
这9项变更每一项都有另外需要准备的材料。与注意事项。